はじめに
2023年10月、日本では消費税の仕入税額控除の方式として「適格請求書等保存方式（いわゆるインボイス制度）」が導入された。この制度では、原則として適格請求書発行事業者が発行するインボイスの保存がなければ仕入税額控除が認められない。
しかし、制度開始時点では多くの免税事業者が存在しており、すべての取引先が直ちにインボイス発行事業者になるとは限らない。このため、日本の税制では急激な制度変更による企業負担を緩和する目的で仕入税額控除に関する経過措置が設けられている。
この経過措置では、一定期間に限り、インボイスのない取引であっても仕入税額相当額の80％または50％を控除できる仕組みとなっている。本稿では、日本のインボイス制度における仕入税額控除の経過措置について、その制度概要、適用期間、実務上の留意点を整理する。
1. インボイス制度と仕入税額控除の基本
日本の消費税は、事業者が売上時に受け取った消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引くことで納付税額を計算する「仕入税額控除」の仕組みを採用している。
インボイス制度導入前は、帳簿と請求書の保存があれば仕入税額控除を行うことが可能であり、請求書の発行者が課税事業者か免税事業者かは必ずしも厳密に区別されていなかった。
しかし、2023年10月以降は以下の条件が原則となった。
・適格請求書発行事業者が発行した請求書であること
・適格請求書に必要事項（登録番号、税率ごとの消費税額等）が記載されていること
・帳簿および適格請求書を保存していること
これらの要件を満たさない場合、原則として仕入税額控除は認められない。この変更は特に免税事業者との取引が多い企業に大きな影響を与えるため、段階的な移行措置として経過措置が設けられている。
2. 仕入税額控除の経過措置の概要
インボイス制度の経過措置は、適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れについて、一定割合の仕入税額控除を認める制度である。
具体的には、以下の控除率が設定されている。
2023年10月1日から2026年9月30日まで
仕入税額相当額の 80％を控除可能
2026年10月1日から2029年9月30日まで
仕入税額相当額の 50％を控除可能
2029年10月1日以降
控除不可（原則どおりインボイスが必要）
この措置により、制度導入後も一定期間は免税事業者との取引において部分的な仕入税額控除が可能となっている。
なお、この経過措置を適用するためには、次の書類保存が必要である。
・帳簿の保存
・インボイスに準じる請求書や領収書等の保存
つまり、適格請求書でなくてもよいが、取引内容が確認できる書類の保存は必須である。
3. 経過措置の対象となる取引
経過措置の対象となるのは、主に以下のような取引である。
第一に、免税事業者との取引である。
免税事業者は適格請求書発行事業者として登録する義務がないため、インボイスを発行することができない。このため、免税事業者からの仕入れは通常であれば仕入税額控除ができないが、経過措置期間中は80％または50％の控除が認められる。
第二に、インボイス発行事業者でない課税事業者との取引である。
課税事業者であっても、登録申請を行っていない場合はインボイスを発行できない。この場合も経過措置の対象となる。
第三に、個人事業者との小規模取引である。
フリーランスや小規模事業者の中には免税事業者が多く存在しており、特に広告制作、IT開発、デザイン業務などではこの経過措置の影響が大きい。
ただし、インボイス制度では、もともと仕入税額控除の対象外となる取引（給与、寄附、対価性のない支出など）は、この経過措置の対象にもならない点に注意が必要である。
4. 外資系企業にとっての実務上のポイント
外資系企業や外国法人の日本拠点にとって、インボイス制度の経過措置は実務上いくつかの重要なポイントを含んでいる。
まず、取引先の登録状況の確認である。
インボイス発行事業者かどうかは、国税庁の登録番号で確認できるため、仕入先マスター管理の中で登録番号の管理を行うことが望ましい。
次に、仕入税額控除率の管理である。
経過措置期間中は80％または50％の控除率が適用されるため、会計システム上で通常の仕入税額控除とは別に管理する必要がある。
さらに、契約条件の見直しも検討事項となる。
免税事業者との取引では、将来的に仕入税額控除ができなくなるため、価格交渉や契約条件の変更が議論されるケースもある。
特に外国企業の日本子会社や支店では、本社側の経理部門が日本のインボイス制度を十分理解していない場合も多く、社内ガイドラインや経理マニュアルの整備が重要となる。
5. 経過措置終了後のリスク
2029年10月以降は、原則としてインボイスがなければ仕入税額控除は認められない。このため、経過措置期間は企業にとって実務体制を整備するための準備期間ともいえる。
経過措置終了後に想定されるリスクとしては以下が挙げられる。
・免税事業者との取引における税コストの増加
・仕入税額控除否認による追加納税
・税務調査での証憑確認の強化
特に日本の税務調査では、帳簿保存と請求書保存の整合性が重点的に確認されるため、インボイス管理体制の整備が不可欠である。
企業としては、経過措置期間中に取引先の登録状況を整理し、将来的なインボイス取得状況を踏まえた調達戦略を検討することが望ましい。
まとめ
日本のインボイス制度では、制度導入による急激な影響を緩和するため、仕入税額控除に関する経過措置が設けられている。
具体的には、インボイス発行事業者以外からの仕入れについて、2026年9月まで80％、2029年9月まで50％の仕入税額控除が認められている。しかし、2029年10月以降は原則としてインボイスがなければ控除は認められない。
外資系企業や外国法人の日本拠点にとっては、取引先の登録状況の管理、会計処理の整備、契約条件の見直しなど、実務対応が重要なテーマとなる。
インボイス制度は単なる請求書様式の変更ではなく、企業の取引管理や税務コンプライアンスに大きく影響する制度である。経過措置期間を有効に活用し、将来の制度完全移行に向けた準備を進めることが、日本における税務リスク管理の観点からも重要である。
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